工作经历Cbl字典库

2012.7- 中国科学院国家数学与交叉科学中心生物医学部 助理研究员 2012.7- 中国科学院数学与系统科学研究院 助理研究员 Cbl字典库

主要成就Cbl字典库

在Nature子刊、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、Briefings in Bioinformatics等国际权威期刊以第一作者和通讯作者身份发表生物信息学相关领域论文18篇，第一作者14篇, 通讯作者10篇，发表论文目前共被引用302次，参编专著4部，获得授权专利1项，曾获国际网络博弈论大会最佳论文奖、中科院数学院院长奖学金、博时奖学金、永安期货奖学金、英达奖学金、第四届世界华人数学家大会新世界数学奖、美国数学建模竞赛国际一等奖等荣誉，主持或以骨干身份参与 国家自然科学基金重大研究计划、国家自然科学基金青年基金等11项重要项目.

项目经历

2014.01-2016.12主持国家自然科学基金青年基金《多视角识别人类复杂疾病相关microRNA的数学模型与方法研究》
　　2013.10-2014.09参加国家自然科学基金专项基金项目数学天元基金《协同药物研发中的关键数学问题》
　　2013.1-2015.12参与国家自然科学基金重大研究计划培育项目《非可控性炎症调控网络体内定量监视预测技术研究》 2012.7-至今参加中国科学院国家数学与交叉科学中心数学与生物医学交叉研究部重大专项《重大慢性多发疾病的动态网络系统构建》
　　2012.1-2013.06参与首都安全技术支撑平台（一期）《安全生产数据挖掘与模型构建》项目
　　2010.12-2012.06主持中国科学院研究生科技创新与社会实践资助专项科技创新类项目《药物靶点作用预测》
　　2009.12-2010.12主持中国科学院研究生科技创新与社会实践资助专项社会实践类项目《北京和威海青年创业现状分析及调研》
　　2009.06-2010.12参与北京市科技计划项目《城市公共设施事故应急的多部门协同决策模型研究》
　　2009.06-2010.12参与北京市科委课题《首都安全生产风险评估与预测预警技术研究》的子课题《安全生产数据挖掘与模型构建研究》
　　2008.01-2012.12参与中科院知识创新工程重要方向项目《生物分子网络中的模型与算法》

获奖情况

Best Paper Award of the 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks, Executive Committee and Award Committee of GameNets 2014, 2014.
　　中国科学院博时奖学金特等奖，中国科学院数学与系统科学研究院，2012
　　中国科学院永安期货奖学金优秀奖，中国科学院数学与系统科学研究院，2011
　　中科院研究生院数学科学学院2011年博士(后)学术论坛最佳报告奖，中国科学院研究生院数学科学学院，2011
　　中国科学院数学与系统科学研究院院长奖学金优秀奖，中国科学院数学与系统科学研究院，2010
　　中国科学院英达奖学金优秀奖，中国科学院数学与系统科学研究院，2010
　　2009中科张江杯青年技术创新大赛三等奖，中国科学院计算技术研究所与上海张江集团（有限）公司，2009
　　第四届世界华人数学家大会新世界数学奖优异奖（第一次评选），世界华人数学家大会组委会，2007
　　山东大学（威海）首届十佳大学生，山东大学（威海），2006
　　美国数学建模竞赛国际一等奖（队伍队长），美国大学生数学建模组委会，2006
　　全国数学建模竞赛国家二等奖（队伍队长），教育部高等教育司与中国工业与应用数学学会，2005
　　全国大学生英语竞赛国家二等奖，高等学校大学外语教学指导委员会与高等学校大学外语教学研究会，2005 .

学术活动

在生物信息学相关领域发表论文18篇，第一作者14篇, 通讯作者10篇；文章分别发表在Briefings in Bioinformatics、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、Scientific Reports、PLoS ONE、Molecular BioSystems、 OMICS：A Journal of Integrative Biology、Neurocomputing等多家国际权威学术期刊上.发表的文章目前共被引用302次，引起国内外相关研究人员的广泛兴趣。其中有四篇论文发表在Nature子刊上（均为第一作者兼通讯作者）。药物靶点综述发表在Briefings in Bioinformatics杂志 (SCI 影响因子9.617 第一作者和通讯作者)，另外发表在MolecularBioSystems杂志的药物靶点作用预测文章被该杂志评选为Top ten most accessed articles in June和Top 10% of the mosthighly cited articles published in the latest Impact Factor window (2011-2012),目前被引用52次；发表在Nucleic Acids Research的lncRNA与疾病关联数据库文章目前被引用120次; 论文被评选为The 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks会议的最佳论文奖..
　　专利：一种药物增效组合预测方法及实验验证. 201110210508.0 闫桂英 张立新 陈兴 任彪 陈明 王令新 刘明熹 正式授权
　　担任《2012－2013运筹学学科发展报告》编写组成员
　　Editorial Board member：Journal of Biochemistry and Molecular Biology Research
　　Guest editor： Current Protein& Peptide Science (SCI, 影响因子2.326) Special issue onIdentifying drug–target interactions based on heterogeneous biological data (http://benthamscience.com/journal/special-issues.php?journalID=cpps)
　　Reviewer：《Scientific Reports》、《Bioinformatics》、《PLOS Computational Biology》、《European Journal of Human Genetics》、《Molecular BioSystems》、《PLoS ONE》、《BMC Bioinformatics》、《BMC Systems Biology》、《Molecular Genetics and Genomics》、《Expert Opinion On Drug Metabolism and Toxicology》、《BioMed Research International》、《Cell Proliferation》、《The Scientific World Journal》、《Neurocomputing》、《IET Systems Biology》、《Computational Biology and Chemistry》、《Theory in Biosciences》、《Acta Mathematicae Applicatae Sinica》、《Chinese Journal ofBiochemistry Molecular Biology》和国际会议International Conference on Bioinformatics 2014 (InCoB2014), The 6th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2012), The 7th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2013), The 8th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2014), The 4th Translational Bioinformatics Conference (TBC 2014).
　　担任北京青少年科技俱乐部活动委员会学术指导导师 Cbl字典库

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Predicting lncRNA-disease associations and constructing lncRNA functional similarity network based on the information of miRNA Scientific Reports:2015,5:13186 (SCI 影响因子5.578, nature旗下,独立作者) Drug–target interaction prediction: databases, web servers and computational models Briefings in Bioinformatics: 2015 ,In press (SCI 影响因子9.617,第一作者和通讯作者) RBMMMDA: predicting multiple types of disease-microRNA associations Scientific Reports:2015,5: 13877 (SCI 5.578, nature旗下,第一作者和通讯作者) Constructing lncRNA functional similarity network based on lncRNA-disease associations and disease semantic similarity Scientific Reports. 2015 5:11338 (SCI 5.578, nature旗下,第一作者和通讯作者) Distributed Image Understanding with Semantic Dictionary and Semantic Expansion Neurocomputing:2015,In press (SCI 2.083) Semi-supervised learning for potential human microRNA-disease associations inference Scientific Reports. 2014,4:5501 (SCI 5.078, nature旗下,被引用10次,第一作者和通讯作者) 2012－2013运筹学学科发展报告 中国运筹学会.中国科学技术出版社:,2014 ASDCD: Antifungal Synergistic Drug Combination Database PLOS ONE:2014,9(1): e86499 (SCI 3.73 第一作者). Large Scale Image Understanding with Non-convex Multi-task Learning The 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks:2014,Best Paper Award. Novel human lncRNA-disease association inference based on lncRNA expression profiles Bioinformatics:2013,29(20),2617-2624 (SCI 5.323, 2/47 in Mathematical & Computational Biology,被引用12次,第一作者和通讯作者) A computational framework to infer human disease-associated long noncoding RNAs PLOS ONE:2014,9(1): e84408 (SCI 3.73，被引用13次). LncRNADisease: a database for long-non-coding RNA-associated diseases Nucleic Acids Research:2013,41(Database issue),D983--D986 (SCI: 8.026, 26/289 in Biochemistry and Molecular Biology，被引用120次). Drug-Target Interaction Prediction by Random Walk on the Heterogeneous Network Molecular BioSystems:2012,8(7)1970-1978 (SCI 3.825，被引用52次 Top ten most accessed articles),in June 2012;Top 10% of the most highly cited articles published in the latest Impact Factor window (2011-2012), 第一作者). RWRMDA: predicting novel human microRNA-disease associations Molecular BioSystems:2012,8(10),1970-1978 (SCI 3.825, 被引用33次，第一作者). Prediction of disease-related interactions between microRNAs and environmental factors based on a semi-supervised classifier PLoS ONE:2012,7(8),e43425 (SCI 4.092,第一作者,被引用12次，第一作者) A novel candidate disease genes prioritization method based on module partition and rank fusion OMICS: A Journal of Integrative Biology:2010,14 (4),337-356 (SCI 3.17，被引用13次,第一作者和通讯作者). 多阶段多目标多部门应急决策模型 系统工程理论与实践:2010,30(11),1977-1985 (EI 0.896，被引用23次,第一作者和通讯作者). NRWRH for drug target prediction The 4th International conference on computational Systems Biology:2010,13,219-226 (ISTP, 第一作者和通讯作者). Modularized random walk with restart for candidate disease genes prioritization Optimization and Systems Biology:2009,11,353-360 (ISTP, 第一作者和通讯作者). Cbl字典库